If the hypothesis is correct, they have periodically burst through the planet’s crust, creating enormous oceans of lava which poisoned the atmosphere and
wiped out entire branches of the tree of life.

1-) Bu cümlede through yalnız değildir. Idiom halinde bir fiille birlikte kullanılmıştır. Kafanız KARIŞMASIN !

burst through something: dalıp/delip geçmek

2-) If Freud had followed through with his original insight, that cocaine is an anaesthetic,he would probably have stayed a neurologist and never found the time to
invent psychoanalysis.

Bu cümlede aynı kullanım mevcuttur.

follow through: bitirmek, sonunu getirmek (bir işin), gerçekleştirmek

3-) On the way to London, we passed through York.

Through burada "içinden" anlamında kullanılmıştır. "Londra'ya giderken York'tan (içinden) geçtik.

4-) Jack told Jill they were through when he caught her cheating.

Burada ki anlam da şudur:

Jack Jill'e, onu aldatırken yakaladığında herşeyin bittiğini/beraberliklerinin bittiğini söyledi.

be through : bir ilişkinin sonuna gelmek, beraberliği bitirmek, ayrılmak